Ő maga nincs férjnél, bár azt mondja nem zárja ki azért  a házasságot. Kedvesével,a filmrendező Darren Aronofskyval már eljegyezték egymást, és van egy 3 éves kisfiúk. Elmondja, hogy meglepte az Esquire szavazásának eredménye mert, "Már kezdtem attól félni, hogy már nem jövök be a férfiaknak." Arról is beszámol, hogy mennyire akart tetszeni párjának amikor először találkoztak. Annak ellenére, hogy sikeres filmes és színházi karrieje van, fiát, Henryt nem szánja Rachel színészi pályára, pedig úgy tűnik a kissrác kedvet kapot miután látta anyukáját egy színházi előadásban. "Remélem nem szeretne színész lenni, mindenképpen lebeszélném róla." Rachel Weisz legutóbb egy meggyilkolt lány gyászoló édesanyját játszotta Peter Jackson Komfortos menyország című filmjében.