A XIX. század elejéig a fogkeféket általában csak vízzel használták. Az ekkor, általában otthon összekevert „fogkrémek” mészkövet, téglaport és sót tartalmaztak. Bikafalvi Máthé Domokos magyar fogorvos könyvében (A fogak és a száj ápolásáról) a rágást tartja a legjobb fogtisztítónak, mivel így nem maradnak a fogon az ételmaradékok. Ezenkívül az alkalikus fogpasztákat ajánlja.
A fogkefe a fogak mechanikus tisztítására használt eszköz. Minden fogkefének van feje és nyele. A fejen található sörték segítségével történik az ételmaradékok és lerakódások eltávolítása a fogak felszínéről. A fogkefék osztályozása általában a sörték anyaga és keménysége alapján történik. A sörték régebben állati eredetűek voltak, manapság kizárólag műanyagból készülnek. Három különböző keménységű fogkefét különböztetünk meg: lágy (soft), félkemény (medium) és kemény (hard). A lágy sörtéjü fogkefét az ínygyulladásos egyéneknek szokták ajánlani, míg a kemény sörtéjüt csak nagyon ritkán ajánlják.
Archeológiai leletek alapján az első, fogak tisztítására használt eszközök különböző fadarabkák voltak, melyeket egyszerűen rágcsáltak egy ideig. Ilyen leleteket találtak az ókori Babilónia területén i. e. 3500-ból. A muzulmán világban nagyon elterjedt a miswak vagy siwak használata, melyet az arak (Salvadora persica) fából állítanak elő. A fa gyökeréből kivont anyag többek között a polifenolok családjába tartozó tannint tartalmaz. Ennek antibiotikus és antivirális hatása van. A vallás előírása szerint minden imádság előtt miswakot kell rágcsálni. Az ókori kínaiak aromás fadarabokat rágtak.
Az első sörtés fogkeféket ugyancsak Kínában készítették el. A vaddisznószőrből készült sörtéket egy bambuszdarabra vagy egy csontra erősítették. Európában túl erősnek találták a vaddisznószőröket és puhább lószőrökkel helyettesítették.
Az angliai William Addis 1780-ban kezdte el a fogkefék ipari gyártását. Börtönben töltött évei során fejlesztette ki a ma ismeretes fogkefe elődjét. Egy csontra lyukakat fúrt és azokon áthúzta, majd megkötötte a szálakat. A szabadalmat H. N. Wadsworth 1857-ben kapta meg.
1938-ban a DuPont cég piacra dobja az első olyan fogkefét, melynek sörtéi szintetikus anyagból (nejlon) készült.
Az első elektromos fogkefét 1959-ben mutatták be. A Squibb Pharmaceutical gyártotta és Broxodent volt a neve.