Nyugaton az Atlanti-óceán, északon az Atlasz-hegység és a Földközi-tenger határolja, Egyiptom és a Vörös-tenger keleten, és délen Szudán (régió), illetve a Niger folyó völgye. A sivatagot a következő földrajzi egységekre szokták osztani: Nyugat-Szahara, a középső Ahaggar-hegység, a Tibeszti hegység, az Aïr-hegység (sivatagi hegyek és magas fennsíkok), a Tenere sivatag és a Líbiai sivatag (ez a legszárazabb régió). A Szahara legmagasabb pontja a 3415 méter magas Emi Koussi a Tibesti hegységben, Csád északi részén.

 

 

A Szahara termékeny vidéke Kr. e. 3500 körül kezdett kiszáradni. Kr. e. 7000 és Kr. e. 2000 közt a Középső-Szahara síkságain dús füvű puszták hullámoztak gazdag állatvilággal, folyókkal, mocsarakkal. Ez az ember számára is ideális környezet volt, a sivatagot a pontozott hullámvonalas kultúra népe lakta, amely a macskahal gerinctüskéivel díszített kerámiáiról kapta a nevét. Pattintott kő nyílhegyeket használtak, strucctojás héjából faragtak gyöngyöket, jellegzetes fegyverük a csontból metszett, szakállal ellátott harpuna volt. A hatalmas területen elterjedt kultúra népei falvakat alkottak és vadászó, gyűjtögető kőkori elődeiktől eltérően szinte kizárólag halászatból éltek, halételeiket aKr. e. 7. évezred végén megjelent agyagedényekben készítették el. (A fazekasság az északabbra fekvő Alsó-Egyiptomban csak a Kr. e. 4. évezredben terjedt el.)Ez a népesség a Kr. e. 4. évezred elején tért át a pásztorkodó gazdálkodásra, háziasítva a ’’Bos africanus’’ rövid szarvú marhafélét. Juhot, kecskét már a Kr. e. 5. évezred elejétől tartottak a kürenaikai barlangok üledékeinek tanusága szerint a Földközi-tenger partvidékén, és feltételezhetően ezekkel nagyjából egyidejűek a Felső-Nílus lelőhelyein talált maradványok. A szaharai marhacsordák létezéséről sziklafestmények is tanuskodnak. Az ábrázolt emberek nem voltak negroid jellegűek, így lehetséges, hogy az életformaváltást a népesség kicserélődése okozta.